L'histoire de Stormblood se concentre sur la libération des cités d'Ala Mhigo et de Doma, occupées par l'empire Garlemaldais, à la suite de la reprise du mur de Baelsar par l'alliance Eorzéenne. Les joueurs joindront leur force aux groupes de résistance locaux et devront faire face aux forces locales garlemaldaises dirigées par le legatus Zenos yae Galvus, fils de l'empereur et antagoniste principal de cette extension. Les joueurs exploreront les régions de Gyr Abania, région voisine de Sombrelinceul, et partiront également à l'extrême est d'Hydaelyn, en Othard. Cette dernière comprend une nouvelle capitale : Kugane. Chacune de ces régions comprennent trois nouvelles zones à explorer. L'extension propose également deux nouvelles classes spécialisées : le mage rouge et le samouraï, de nouvelles instances, une nouvelle limite de niveau et de nouveaux raids.