Shin Megami Tensei V : Vengeance inclut deux scénarios complets : l’inédit « Déesse vengeresse », une histoire tragique de vengeance, et l’original « Déesse créatrice », mettant en scène un conflit perpétuel entre les anges et les démons, dans lequel le protagoniste se bat pour protéger le monde.

Alors qu’une scène de crime dans le Tokyo moderne oblige le protagoniste à prendre un détour pour rentrer chez lui, il se retrouve enseveli et inconscient. Il se réveille dans un nouveau Tokyo, appelé Da’at, une terre désolée ravagée par une apocalypse. Avant que des démons assoiffés de sang ne parviennent à lui ôter la vie, un sauveur apparaît. Il s'unit avec notre protagoniste pour devenir un être surpuissant : un Nahobino.

Armé de nouveaux pouvoirs, le protagoniste devra tracer son propre chemin dans ce royaume énigmatique peuplé de divinités mythiques et de tyrans démoniaques.