L'aventure de LOST SPHEAR débute dans le village isolé d'Elgarthe où un jeune homme du nom de Kanata se réveille après un cauchemar aux allures de cataclysme pour découvrir que son village est en train de disparaître.

Face à une menace qui met la réalité en péril, il doit réveiller le pouvoir des souvenirs afin de restaurer ce qui a été perdu.

Afin d'empêcher que le monde ne disparaisse à tout jamais, Kanata et ses compagnons se lancent dans une aventure pour reconstruire le monde en faisant appel aux souvenirs et en recréant l'univers qui les entoure.